برای دسترسی به سایت قدیم به این آدرس مراجعه نمایید
سلام مهمان , ورود

مرکز پردازش سریع دانشگاه صنعتی شریف

نرم‌افزارهای نصب شده

در مرکز پردازش سریع دانشگاه صنعتی شریف، تعداد بسیار زیادی از نرم افزارهای فنی/مهندسی نصب و راه اندازی شده و قابل استفاده توسط تمامی کاربران می‌باشد. نرم افزارهای متعددی از جمله نرم‌افزارهای حوزه مهندسی کامپیوتر، عمران، شیمی، نفت، برق، صنایع، مواد و نرم افزارهای علوم پایه از جمله فیزیک و ریاضی در این سامانه قابل استفاده می‌باشد. لیست این نرم‌افزارها و نسخه‌های قابل استفاده در ادامه آورده‌شده‌است.

سال و نسخه نرم‌افزار

نام نرم‌افزار

2019
ABAQUS
توضیحات نرم افزار

باکوس قابلیت حل مسایل از یک تحلیل خطی ساده تا پیچیده ترین مدلسازی غیر خطی را دارا می‌باشد. این نرم‌افزار دارای مجموعه المانهای بسیار گسترده‌ای می‌باشد که هر نوع هندسه‌ای را می‌توان توسط این المان‌ها مدل کرد. همچنین دارای مدل‌های رفتاری بسیار زیادی است که در مدلسازی انواع مواد با خواص و رفتار گوناگون نظیر فلزات، لاستیک‌ها، پلیمرها، کامپوزیت‌ها، بتن مسلح، فومهای فنری و نیز شکننده و همچنین مصالحی ژئوتکنیکی نظیر خاک و سنگ، قابلیت بالایی را ممکن می‌سازد. نظر به اینکه آباکوس یک ابزار مدلسازی عمومی و گسترده می‌باشد، استفاده از آن تنها محدود به تحلیل مسائل مکانیک جامدات نمی‌شود. با استفاده از این نرم‌افزار می‌توان مسایل مختلفی نظیر انتقال حرارت، نفوذ جرم، تحلیل حرارتی اجزاء الکتریکی، اکوستیک، تراوش و پیزو الکتریک را مورد مطالعه قرار داد.

نحوه اجرای نرم افزار

#PBS -N myjob #PBS -m abe #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR /share/apps/DS_SIMULIA/DassaultSystemes/SIMULIA/Commands/abaqus job=input input=input.inp cpus=1 interactive

7.4.1 7.4.1 (new) 8.0.8 8.2.3 8.2.3 (new) 8.4.4
ABINIT
توضیحات نرم افزار

بسته ی نرم افزاری ABINIT یک بسته ی محاسباتی است که با استفاده از آن می توان انرژی کل،چگالی بار و ساختار الکتریکی سیستم‌های متشکل از الکترون و هسته (مولکول‌ها و جامدات متناوب) را بر پایه ‌ی نظریه تابعی چگالی (DFT) ، با استفاده از امواج تخت و شبه پتانسیل ها بدست آورد. در این بسته‌، بررسی حالات برانگیخته‌ی یک ماده با استفاده از نظریه تابعی چگالی وابسته به زمان (TDDFT) و نظریه اختلال بس ذره ای در تقریب GW و حل معادله بت-سلپیتر (Bethe-Salpeter Equation) صورت می گیرد. علاوه بر این با استفاده از بسته ABINIT می‌توان برای مواد و نانوساحتارهای خود خواص اپتیکی، مغناطیسی، الاستیکی، ترمودینامیکی و … را بررسی کرد. این بسته‌ی نرم افزاری قابلیت محاسبه‌ی اکثر تقریب‌های انرژی تبادلی- همبستگی مانند LDA، GGA، LSDA و LDA+U را دارد. همچنین با استفاده از ABINIT می توان محاسبات مربوط به حالات برانگیخته‌ی یک ماده را انجام داد. برای اجرای برنامه خود می توانید دستور روبرو را در فایل run.sh‌خود قرار دهید.

نحوه اجرای نرم افزار

#PBS -N myjob #PBS -m abe #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np 1 /share/apps/ABINIT/abinit-7.4.1/src/98_main/abinit < input.files > output.log

2015
ADS
توضیحات نرم افزار

ADS به عنوان قدرتمند ترین محصول شرکت Keysight EEsof EDA، یک نرم افزار تحلیل Microwave بوده که ابزار طراحی قدرتمندی را در اختیار مهندسان RF/Microwave، طراحان DSP و طراحان سیگنال ترکیب شده قرار می‌دهد. این برنامه شامل کتابخانه‌ای از قطعات معمول مانند المان‌های فشرده، خطوط انتقال، Power Splitter ها، هایبریدها، دیودها، ترانزیستورها، منابع و غیره می‌باشد که از آنها برای ساخت و شبیه ‌سازی یک مدار یا سیستم استفاده می‌شود. نتایج خروجی‌هایی مانند پارامترهای S، طیف فرکانسی، نمودار حوزه زمان و توان ورودی خروجی مقایسه‌ای، در فرم‌های عددی و گرافیکی در این برنامه قابل دریافت است. همچنین به کمک این نرم‌افزار تکنیک‌های بهینه‌سازی مختلفی را برای رسیدن به عملکرد مورد نظر مدار می‌توان به‌کار برد.

نحوه اجرای نرم افزار

#PBS -N myjob #PBS -m abe #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR export HPEESOF_DIR=/share/apps/ADS/ADS2015_01 export PATH="/share/apps/ADS/ADS2015_01/bin:$PATH" LD_LIBRARY_PATH=/share/apps/ADS/ADS2015_01/lib/linux_x86_64:$LD_LIBRARY_PATH LD_LIBRARY_PATH=/share/apps/ADS/ADS2015_01/adsptolemy/lib.linux_x86_64:$LD_LIBRARY_PATH export LD_LIBRARY_PATH=/share/apps/ADS/ADS2015_01/SystemVue/2014.10/linux_x86_64/lib:$LD_LIBRARY_PATH hpeesofsim -r output_raw file input_file_name

19
ansys
توضیحات نرم افزار

نرم افزار Ansys قابلیت تحلیل مسائل گوناگون و متنوع مهندسی از قبیل حرارت، سیالات، مغناطیس، الکترواستاتیک، الکتریسیته، سازه، ارتعاشات، استاتیک و غیره را داراست. این‌ نرم‌افزار مهندسین‌ و طراحان‌ را قادر می‌سازد تا به‌ راحتی‌ بهینه‌سازی ‌ساختاری‌، حرارتی‌، دینامیکی‌، تعادل وزنی‌ و عملکردی‌ و همچنین‌ شبیه‌سازی‌‌های‌ مُد ارتعاشی‌ و ضریب‌ اطمینان‌ و ایمنی را در طرح‌هایشان‌ به‌ صورت‌ مرحله‌ به‌ مرحله‌ اعمال‌ کنند.

نحوه اجرای نرم افزار

#PBS -N myjob #PBS -m abe #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR ansys -b nolist -p AA_T_A -j ansys_demo -i your-input-file.inp -o your-output-file.out

2017.2
ATK
توضیحات نرم افزار

نرم‌افزار Atomistix Toolkit دارای قابلیت‌های منحصربه‌فردی در زمینه شبیه‌سازی ساختارهای نانو و سیستم‌های کوانتومی در مقیاس اتمی است. نرم‌افزار شبیه‌ساز Atomistix Toolkit می‌تواند مشخصات الکترونیکی سیستم‌های باز و بسته کوانتومی را در چارچوب تئوری تراکم-کاربردی (DFT) با استفاده از مجموعه قواعد عددی ترکیب خطی اوربیتال‌های اتمی (LCAO) مدل‌سازی نماید.

نحوه اجرای نرم افزار

/share/apps/ATK/VNL-ATK-2017.2/bin

3.10.2
ATLAS
توضیحات نرم افزار

ATLAS‌ یک ابزار بهینه سازی عددی است. در حال حاضر ATLAS از API‌هایBLAS و همچنین بخشی از ‌APIهای LAPAC‌ (Linear Algebra Package) پشتیبانی می کند. کتابخانه های این نرم افزار که در مسیر /share/apps/ATLAS/hpc/lib/ قرار دارند. برخی از آن ها در زیر آمده است: which can be used for the entire BLAS API, as well as for a tiny portion of the LAPACK (Linear Algebra Package) API.

نحوه اجرای نرم افزار

برای هدف های زیر دستورهای آن را اجرا کنید: ▸ To compile a Fortran program and link with the serial BLAS library provided by ATLAS, using gfortran: $gfortran -o blaspgm.x blaspgm.f -L/pfs/sw/serial/gcc/atlas-3.10.2/lib -lf77blas -latlas ▸ To compile a Fortran program and link with the serial BLAS library provided by ATLAS, using the Intel Fortran Compiler: $ ifort -o blaspgm.x blaspgm.f -L/pfs/sw/serial/gcc/atlas-3.10.2/lib -lf77blas -latlas -lgfortran ▸ To compile a C program and link with the serial CBLAS library provided by ATLAS, using gcc: $ gcc -o cblaspgm.x cblaspgm.c -I/pfs/sw/serial/gcc/atlas-3.10.2/include -L/pfs/sw/serial/gcc/atlas-3.10.2/lib -lcblas -latlas ▸ To compile a C program and link with the serial CBLAS library provided by ATLAS, using the Intel C Compiler: $ icc -o cblaspgm.x cblaspgm.c -I/pfs/sw/serial/gcc/atlas-3.10.2/include -L/pfs/sw/serial/gcc/atlas-3.10.2/lib -lcblas -latlas ▸ To compile a Fortran program and link with the serial LAPACK library provided by ATLAS, using gfortran: $ gfortran -o lapackpgm.x lapackpgm.f -L/pfs/sw/serial/gcc/atlas-3.10.2/lib -llapack -lf77blas -lcblas -latlas ▸ To compile a Fortran program and link with the serial LAPACK library provided by ATLAS, using the Intel Fortran Compiler: $ ifort -o lapackpgm.x lapackpgm.f -L/pfs/sw/serial/gcc/atlas-3.10.2/lib -llapack -lf77blas -lcblas -latlas -lgfortran

4.2.6
autodock
توضیحات نرم افزار

داکینگ مولکولی تکنيک محاسباتى مى باشد که مى تواند برهمکنش بين دو مولکول را پيشگويى کند. اين تکنيک به طور عمده شامل الگوريتم هاى مانند ديناميک مولکولى , شبيه سازى مونت کارلوو , روش جستجو براساس بررسى قطعات و.. مى باشد. مطالعات داکينگ مولکولى در تعيين برهم کنش بين دو مولکول , براى پيدا کردن بهترين جهت گيرى يک ليگاند در يک کمپلکس با حداقل انرژى بکار برده مى شود نتایج بدست آمده توسط یک تابع درجه بندی آماری تجزیه تحلیل می شود این تابع درجه بندی آماری برای محاسبه انرژی اینتراکشن آن را به مقادیر عددی به نام درجه داکینگ تبدیل میکند. یکی از نرم افزارهایی که در این زمینه کاربرد دارد AutoDock است

نحوه اجرای نرم افزار

برای اجرای برنامه خود می‌توانید دستور روبرو را در فایل run.shخود قرار دهید. #PBS -N myjob #PBS -m abe #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR /share/apps/AutoDock/autodock-4.2.6/bin/autodock4 -p ligand.dpf -l out.dlg ضمنا باید تمامی فایل های ذیل همراه با فایل run.sh نیز در سامانه بارگزاری شود : تمامی فایل ها با پسوند map / فایل با پسوند dpf / فایل با پسوند gpf / فایل با پسوند glg / فایل با پسوند fld / فایل با پسوند xyz / و همچنین دو فایل رسپتور و لیگاند با پسوند pdbqt

1.60, 1.64, 1.65, 1.70, 1.72
BOOST
توضیحات نرم افزار

مجموعه‌ای از کتابخانه‌های زبان برنامه‌نویسی C++ که قابلیت پشتیبانی از وظایف و ساختار‌هایی نظیر جبر خطی، تولید عدد شبه تصادفی،‌ چندنخی، پردازش تصویر و غیره را دارا می‌باشد.

نحوه اجرای نرم افزار

اجرای یک برنامه ساده به کمک BOOST: فایلی با نام sample.cpp ساخته و کد زیر را در آن بگذارید. بدون تغییر مسیر پیش دستور زیر را اجرا کنید: c++ -I /share/apps/boost_1_54_0 sample.cpp -o sample برای دیدن خروجی کار دستور زیر را اجرا کنید: echo 1 2 3 | ./sample خروجی این خواهد بود: 3 6 9

6.3.0، 7.3.0، 8.2.0، 9.1.0
C/C++ (gcc)
توضیحات نرم افزار

GCC کامپایلر یکی از قدرتمندترین و مشهورتری کامپایلر های C برای توزیع مختلف لینوکس می باشد.

نحوه اجرای نرم افزار

جهت اجرا فایل main.c از دستور زیر استفاده میکنیم: gcc main.c برای ریختن خروجی برنامه در یک فایل از command زیر استفاده میکنیم: gcc main.c -o main فایل main شامل خروجی برنامه خواهد بود. برای فعال کردن نمایش warningها از option -wall استفاده میکنیم. gcc Wall main.c -o main برای خروجی اسمبلی: gcc -S main.c > main.s برای تولید کامپایل کد: gcc -C main.c دستور بالا فایل به نام main.o تولید میکند که شامل کد کامپایل است. با وارد کردن دستور فوق فایل اجرایی با عنوان file تولید می‌شود. و به صورت زیر قابل اجراست: ./file برای قرار گرفتن تمامی خروجی‌های این ابزار در فایل متنی باید دستور فوق به صورت زیر وارد شود: ./file > output.txt که در نهایت فایل متنی تولید شده قابل مشاهده با استفاده از دستور cat output.txt و هم قابل دانلود می‌باشد.

19.2
CFX
توضیحات نرم افزار

نرم‌افزارCFX همانند سایر نرم‌افزارهای دینامیک سیالات محاسباتی ، قابلیت ماکرونویسی را داشته که با استفاده از آن می­توان شرایط مرزی و اولیه مختلفی را به نرم‌افزار اعمال کرد. امکان استخراج خروجی‌های گرافیکی­تر و فیلم‌های شبیه‌سازی با کیفیت بالاتر یکی دیگر از امکانات برجسته نرم افزار CFX می‌باشد. از جمله ویژگی‌های کلیدی این نرم‌افزار می‌توان به قابلیت تحلیل مسائل چندفازی ، اندرکنش سازه سیال FSI , مدلهای جریان آشفته ، توربوماشین ، انتقال حرارت ، بررسی جریان‌های لزج و غیر لزج ، تحلیل­های نانوسیال و ... اشاره کرد . سرعت ، دقت وکارآیی نرم‌ افزار CFX در شبیه‌سازی مسائل مربوط به تجهیزات دوار و توربوماشین‌ها (پمپ ، کمپرسور ، فن ، توربین‌های گازی و هیرولیکی)، در مقایسه با سایر نرم‌افزارهای مشابه مانند Fleunt ، بیشتر می‌باشد . با این وجود ، در مسائلی که فیزیک خاصی دارند ، مانند مسائل حوزه واکنش و مرز دینامیک ، نسبت به نرم‌ افزار فلوئنت از قدرت کمتری برخوردار است .

نحوه اجرای نرم افزار

#PBS -N myjob #PBS -m abe #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR /share/apps/ANSYS/Ansys18.2/ansys_inc/v192/CFX/bin/cfx5solve -def inputfile.def -parallel -batch

5.3.0، 5.4، 5.5
Comsol
توضیحات نرم افزار

نرم‌افزار کامسول مولتی‌فیزیکس یک مجموعه کامل شبیه‌سازی است که می‌تواند معادلات دیفرانسیل سیستم های غیر خطی را توسط مشتق‌های جزئی به روش اجزاء محدود (FEM) در فضاهای یک، دو و سه بعدی حل نماید. این نرم‌افزار می‌تواند در حضور چالش‌هایی نظیر میدان‌های الکترومغناطیسی، کشش، دینامیک سیالات و دینامیک گاز به خوبی راهگشا باشد.COMSOL همچنین فرصتی برای حل مشکل به عنوان یک فرمول ریاضی (در فرم معادلات) و فیزیکی (انتخاب مدل فیزیکی، به عنوان مثال مدل فرایند انتشار) را به کاربر می‌دهد. بدیهی است، در هر مورد سیستم معادلات حل خواهد شد، تفاوت فقط در امکان استفاده از سیستم‌های فیزیکی و جسمی و واحدها نهفته است. به اصطلاح حالت فیزیکی، می‌توان از معادلات پیش تعریف شده برای اکثر پدیده‌های انجام گرفته در علوم و فناوری استفاده کرد، مانند انواع روش‌های انتقال حرارت و برق، تئوری الاستیسیته، نفوذ مولکولی و انتقال جرم و انتشار، انتشار موج و جریان سیال. با استفاده از نرم‌افزار COMSOL Multiphysics می‌توان طراحی و شبیه‌سازی پروژه‌های مهندسی برق، مکانیک، علوم زمین، شیمی، فیزیک، نجوم و کوانتوم را انجام داد. همچنین این برنامه امکان تعامل با نرم‌افزارهای مهندسی دیگر مانند کتیا و متلب را دارد.

نحوه اجرای نرم افزار

برای اجرای برنامه خود می توانید دستور روبرو را در فایل run.sh‌خود قرار دهید. #PBS -N myjob #PBS -m abe #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR /share/apps/comsol/comsol54/multiphysics/bin/comsol batch -np 1 -inputfile myinputfile.mph -outputfile out.mph فایل myinputfile.mph شامل محتوای ورودی می باشد و خروجی را در فایل out.mph می ریزد. برای استفاده از قابلیت Matlab Livelinking می‌توانید از فایل run.sh با محتوای زیر استفاده کنید: #PBS -N jobname #PBS -m ae #PBS -M your@email.com #PBS -l nodes=1:ppn=24 /share/apps/comsol/comsol53a/multiphysics/bin/comsol server -np 24 < /dev/null > comsolserver1.log & /share/apps/matlab2015a/bin/matlab2015 -nodesktop -nosplash -r "addpath /share/apps/comsol/comsol53a/multiphysics/mli/, mphstart, myfile, exit"

6960، 74000
Corsika
توضیحات نرم افزار

Corsika یک نرم‌افزار کامپیوتری برای رشته فیزیک جهت شبیه‌سازی بارش‌های هوایی گسترده تحت اثر ذره‌های کیهانی انرژی بالا، نظیر پروتون‌ها و هسته‌های اتمی، می‌باشد.

نحوه اجرای نرم افزار

نمونه‌ای از اجرای برنامه corsika به شرح زیر است: corsika74000Linux_DPMJET_gheisha < all-inputs > output.txt یا corsika74000Linux_QGSI_gheisha input-file out file دستور اول ورودی‌ها را (all-inputs) دریافت می‌کند و خروجی‌ها را در فایل متنی output.txt قرار می‌دهد. که در نهایت فایل متنی تولید شده قابل مشاهده با استفاده از دستور cat output.txt و هم قابل دانلود می‌باشد. دستور دوم نیز فایل ورودی input-file را از کاربر دریافت کرده و خروجی را در فایل خروجی قرار می‌دهد.

5،‌ 7.5
CUDA
توضیحات نرم افزار

کامپایلر و درایورهای کودا در خوشه نصب و قابل استفاده است. CUDA یک سکوی پردازش موازی و مدل برنامه‌نویسی است که توسط شرکت انویدیا به‌وجود آمده است و در واحدهای پردازش گرافیکی این شرکت پشتیبانی می‌شود. کودا به توسعه‌دهندگان امکان دسترسی مستقیم به حافظه و مجموعه دستورالعمل در واحد پردازش گرافیکی را می‌دهد.

نحوه اجرای نرم افزار

برای اجرای برنامه خود با cuda 7.5 می توانید دستور روبرو در خط فرمان اجرا کنید: qsub -q cuda7 run.sh برای اجرای برنامه خود با cuda 9 و یا cuda 10 می توانید دستور روبرو در خط فرمان اجرا کنید: qsub -q tensorflow run.sh برنامه‌های cuda در آدرس‌های زیر نصب هستند: /usr/local/cuda-7.5 /usr/local/cuda-9.0 /usr/local/cuda-10.0

18.2، 19.1
DFTB+
توضیحات نرم افزار

DFTB+ یک بسته نرم‌افزاری برای شبیه‌سازی‌های کوانتوم مکانیکی می‌باشد.

نحوه اجرای نرم افزار

در مسیر زیر نصب است: /share/apps/dftbplus/18.2

2.18
DL-POLY
توضیحات نرم افزار

DL_POLY یک نرم افزار شبیه سازی داینامیک مولکولی می باشد. دینامیک ملکولی یکی از شاخه‌های فیزیک محاسباتی است.در این روش برهمکنش میان اتم‌ها و ملکول‌ها در بازه‌هایی از زمان بر اساس قوانین فیزیک، به‌وسیله کامپیوتر شبیه‌سازی می‌شود. دینامیک مولکولی شکلی از شبیه سازی کامپیوتری است که در ان اتمها و مولکولها اجازه دارند برای یک دوره از زمان تحت قوانین شناخته شده فیزیک باهم برهم کنش کنند و چشم اندازی از حرکت اتمها بدهند. از آنجائیکه سیستمهای مولکولی عموما شامل تعداد زیادی از ذرات هستند امکان پذیر نیست که ویژگیهای سیستمهای پیچیده را بطور تحلیلی بدست آوریم. شبیه سازی دینامیک مولکولی این مساله را با بکار بردن روش محاسباتی حل می‌کند. این روش یک واسطه بین تجربیات آزمایشگاهی و نظریه ایجاد می‌کند و به عنوان یک آزمایش مجازی در نظر گرفته می‌شود. دینامیک مولکولی روابط بین ساختار مولکولها، حرکت مولکولهاو توابع مولکولی را بررسی می‌کند.

نحوه اجرای نرم افزار

#PBS -N myjob #PBS -m abe #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -n 1 /share/apps/DL_POLY/dl_class_1.10/execute/DLPOLY.X

0.8.1-3
FaCSim
توضیحات نرم افزار

این نرم افزار یک شبیه ساز چرخه محور سریع است که توسط آزمایشگاه پژوهشی کامپایلرهای پیشرفته دانشگاه سئول برای معماری پردازنده های ARM پیاده سازی شده است. این شبیه ساز به گونه دقیق بخش حافظه هسته پردازشی ARM9E را مدل می کند. هم چنین این شبیه ساز می تواند رخدادهای ویژه و وقفه ها را به طور کامل شبیه سازی کند. این شبیه ساز به زبان C++ نوشته شده است.

نحوه اجرای نرم افزار

برای آشنایی می خواهیم یک برنامه helloworld‌ را اجرا کنیم: برای این کار کد زیر را در فایلی با نام hello.c‌ بگذارید. سپس آن را با یکی از کامپایلر های ARM مانند ADS, RVDS, arm-elf-gcc‌ کامپایل کنید تا فایل hello.axf را به دست آورید. #include <stdio.h< int main() } printf( "hello world!\n" ); return 0; } بسته به نوع کامپایلر خود می توانید برای کامپایل فایل hello.c و ساخت hello.axf از دستورهای زیر بهره گیرید: ADS or RVDS $ armcc -o hello.axf -g -cpu ARM926EJ-S hello.c arm-elf-gcc $ arm-elf-gcc -o hello.axf -g -mcpu=arm926ej-s hello.c اجرای برنامه با Facsim: Facsim‌ به یک فایل پیکربندی برای اجرای برنامه ها نیاز دارد که با سوییچ -c‌در خط فرمان باید آورده شود. فایل اجرایی برنامه Facsim وهم چنین فایل پیکربندی آن با نام facsim.config‌ در پوشه ی Bin در مسیر نصب نرم افزار است. اجرای برنامه: فایل hello.axf‌ را در مسیر ریشه خود قرار دهید. برای این کار cd ~ را در خط فرمان اجرا کرده و فایل را در این جا بگذارید. #PBS -N myjob #PBS -m abe #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR cd /share/apps/facsim-0.8.1-3/bin ./facsim ~/hello.axf cd ~ /share/apps/facsim-0.8.1-3/bin/facsim -c /share/apps/facsim-0.8.1-3/bin/facsim.config hello.axf

6.7.1
FDS
توضیحات نرم افزار

FDS یک مدل دینامیک سیالات محاسباتی از شار سیال ناشی از آتش است.

نحوه اجرای نرم افزار

#PBS-N job1 #PBS -m ae #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR export OMP_NUM_THREADS=1 /share/apps/FDS/FDS6.7.1/bin/mpiexec -np 1 /share/apps/FDS/FDS6.7.1/bin/fds input.txt > output.txt قبل از ارسال اجرا دستور زیر را وارد کنید: export LD_LIBRARY_PATH="/share/apps/FDS/FDS6.7.1/bin/LIB64:/usr/lib64:$LD_LIBRARY_PATH"

4.3.1، 2015
FFmpeg
توضیحات نرم افزار

FFmpeg یک پروژه نرم‌افزاری متن‌باز است که از چند مجموعه کتابخانه بزرگ و برنامه برای کار با تصویر، صوت و سایر فایل‌های چندرسانه‌ای طراحی شده است.

نحوه اجرای نرم افزار

#PBS -N myjob #PBS -m abe #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR cd /share/apps/FFmpeg/ffmpeg-git-20150811-64bit-static ./ffmpeg -i inputfile.avi outputfile

17.2، 18.2، 19، 19.2، 2019R3
Fluent
توضیحات نرم افزار

فلوئنت، نرم افزاری جهت تحلیل و محاسبات سیالات است. نرم افزار FLUENT در حال حاضر پرکاربردترین نرم افزار در ایران در زمینه شبیه سازی مکانیک سیالات و انتقال حرارت است. که در طیف وسیعی از رشته ها مثل مکانیک، هوافضا، مهندسی شیمی، عمران آب و غیره (به طور کلی هر جا که نیاز به شبیه سازی جریان سیالات باشد) استفاده می شود. استفاده موفقیت آمیز از Fluent نیاز به دانش کافی از مکانیک سیالات و البته آشنایی با Computational Fluid Dynamics دارد.

نحوه اجرای نرم افزار

#PBS -N myjob #PBS -m abe #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR /share/apps/ANSYS/Ansys18.2/ansys_inc/v192/fluent/bin/fluent 2d -g -i inputfile >& outputfile &

mpif77، mpif77-vt، mpif90، mpif90-vt
Fortran
توضیحات نرم افزار

فورترن یک زبان برنامه‌نویسی کامپایل‌شده و عام‌منظوره است که به طور خاص برای محاسبات عددی و علمی مورد استفاده قرار میگیرد و در دهه 1950 به وسیله IBM ایجاد گردید.

نحوه اجرای نرم افزار

#PBS -l nodes=2:ppn=8,walltime=5:00 #PBS -m ae #PBS -N job_myprog cd $PBS_O_WORKDIR mpif90 -o myprog myprog.f mpirun -machine $PBS_NODEFILE -np 16 ${HOME}/simple_quarry_jobs/myprog Submit the program to TORQUE. Use the qsub command from the command line; for example: [jjbinks@q0141 ~]$ qsub submit_parallel.sh

2.4.6
Gambit
توضیحات نرم افزار

Gambit با هدف کمک به تحلیلگران و طراحان برای ساخت و مش نمودن مدل ها برای دینامیک سیالات محاسباتی (CFD) و دیگر برنامه های علمی طراحی شده و توسعه یافته است. رابط کاربری گرافیکی GAMBIT به طراحان و آنالیزر های CFD کمک می کند بسیار راحت تر به ساخت، مشینگ و تخصیص انواع منطقه برای یک مدل ساده و شهودی بپردازند. گمبیت که یک نرم افزار cad است که ورودی مطلوب برای برنامه ی فلوئنت را (با فرمت .msh) فراهم می کند.

نحوه اجرای نرم افزار

/share/apps/gambit/Fluent.Inc/bin

24.1، 24.6، 24.7،‌ 32.1
GAMS
توضیحات نرم افزار

GAMS یک سیستم مدل سازی سطح بالا برای بهینه سازی ریاضی است. GAMS برای مدل سازی و حل خطی، غیر خطی، و مسائل بهینه سازی مخلوط صحیح طراحی شده است. این سیستم برای برنامه های کاربردی مدل سازی مقیاس بزرگ مناسب است. این نوع سیستم برای استفاده در پلتفرم های مختلف در دسترس می باشد. مدل های قابل حمل از یک پلت فرم به دیگری می باشد.

نحوه اجرای نرم افزار

#PBS -N myjob #PBS -m abe #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR gams inputFile > output.txt

09
Gaussian
توضیحات نرم افزار

Gaussian یک نرم افزار شیمی محاسباتی می باشد و شیمیست ها برای محاسبات مولکولی و سنتز مواد آلی و معدنی و همچنین سینتیک از آن استفاده می کنند. فلسفه تئوری Gaussian بر این پایه استوار است که مدل های تئوری باید برای همه ی سیستم های مولکولی با هر اندازه و نوعی به طور یکسان قابل اجرا باشند. مدل های شیمیایی در Gaussian از ترکیب روش های تئوری با مجموعه های پایه حاصل شده اند. نرم افزار Gaussian قادر به پیش بینی خواص بسیاری از مولکول ها و واکنش ها می باشد. محاسبات انجام شده توسط برنامه Gaussian بر روی سیستم ها می تواند مربوط به فاز گازی و یا محلول باشد و همچنین می تواند مربوط به حالت های پایه و برانگیخته باشد. بنابراین Gaussian می تواند به عنوان ابزاری قوی برای بررسی مکانیزم واکنش ها، سطوح انرژی پتانسیل، انرژی های برانگیخته و ... به کار رود. به طور کلی در انجام محاسبات با نرم افزار Gaussian باید از همان ابتدا به دو مورد زیر توجه کرد: 1- هدف اصلی برای انجام محاسبه: در این جا منظور از هدف اصلی از انجام محاسبه این است که برای سیستم مشخص کنیم که چه کاری را باید انجام دهد، زیرا برای انجام هر نوع کار محاسبه ای، باید از دستورات مخصوص به آن استفاده کرد. مثلاً برای بهینه سازی از دستور opt استفاده می شود. 2- روش محاسبه ای: روش های محاسباتی مختلفی برای انجام محاسبه وجود دارند که قبلاً توضیح داده شده اند. البته باید توجه داشت اگر روش خاصی تعریف نشود، این نرم افزار به طور اختیاری از روش HF استفاده می کند. این نسخه هم دارای قابلیت پردازش موازی برای سیستم های با CPU چند هسته ای است.

نحوه اجرای نرم افزار

برای اجرای برنامه خود می توانید دستور روبرو را در فایل run.sh‌خود قرار دهید. #PBS -N myjob #PBS -m abe #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd /home/xxx.ce.sharif/my_files g09 < input.in > output.out یک نمونه از فایل ورودی: فایلی با نام input.in بسازید و داده های زیر را در آن بگذارید. شماره روبروی nprocshared تعداد پردازنده ها را مشخص می کند. %nprocshared=2 %Chk=water #RHF/6-31G(d) water energy 0 1 O H 1 1.0 H 1 1.0 2 120.0 END ECHO "Job done. "

10.0.6
Geant
توضیحات نرم افزار

Geant4 یک ابزار برای شبیه‌سازی گذر ذرات درون ماده است. حوزه‌های کاربردی آن در فیزیک انرژی بالا،‌ فیزیک هسته‌ای و فیزیک ذرات و نیز مطالعات پزشکی و فضایی می‌باشد.

نحوه اجرای نرم افزار

#PBS -N job1 #PBS -m ae #PBS -M email #PBS -l nodes=1:ppn=80 #PBS -q heavy scl enable devtoolset-8 bash export PATH=/share/apps/cmake-3.13.1/bin:$PATH export G4DIR=/share/apps/Geant/geant4.10.03.p03-install $G4DIR/bin/geant4.sh alias g4make='cmake -DGeant4_DIR=$G4DIR' G4AddTimeLimitToPhotonEvaporation=1 export G4AddTimeLimitToPhotonEvaporation=1 ./Hadr06 run1.mac

4.6، 5.0.5، 5.0.7، 5.1.2، 2016.5، 2018، 2018.8
Gromacs
توضیحات نرم افزار

GROMACS یک بسته دینامیک مولکولی که عمدتا برای شبیه سازی از پروتئین، چربی و اسیدهای نوکلئیک طراحی شده است. این روش در ابتدا در شیمی بیوفیزیکی گروه دانشگاه گرونینگن توسعه داده شد، و در حال حاضر توسط همکاران در دانشگاهها و مراکز تحقیقاتی در سراسر جهان ادامه پیدا میکند. GROMACS یکی از سریعترین و مشهورترین نرم افزارهای در دسترس است و می تواند بر روی cpuها به خوبی کارت های گرافیک اجرا شود. GROMACS رایگان و متن باز می باشد.

نحوه اجرای نرم افزار

برای اجرای برنامه خود می‌توانید دستور روبرو را در فایل run.shخود قرار دهید. #PBS -N myjob #PBS -m abe #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR grompp -f grompp.mdp -c conf.gro -p topol.top -o topol.tpr mdrun -s topol.tpr grompp.mdp: شامل فایل پارامترها conf.gro: شامل فایل ساختار topol.top: فایل توپولوژی هم اکنون ابزار گروماکس با نسخه‌ی 5.1.2 روی سیستم نصب است. برای استفاده از ابزار گروماکس ابتدا باید دستور زیر وارد شود: source /share/apps/gromacs/gromacs-5.1.2/bin/GMXRC دستور فوق باید در فایل run.sh قرار داده شود سپس با توجه به نیاز کاربر، دستور مورد نظر با استفاده از دستوراتی نظیر mdrun و غیره وارد می‌شود.

1.9، 2.1
GSL
توضیحات نرم افزار

GNU Science Library (GSL) یک کتابخانه C است که پیاده سازی های بسیار بهینه ای از تابع های ریاضی و علمی کاربردی را در خود جای داده است.

نحوه اجرای نرم افزار

کد زیر با نام example.c برنامه ای به زبان C است که در آن از دستور های کتاب خانه gsl‌ استفاده شده است: #include <stdio.h> #include </share/apps/gsl-2.0/gsl/gsl_sf_bessel.h> int main (void) { double x = 5.0; double y = gsl_sf_bessel_J0 (x); printf ("J0(%g) = %.18e\n", x, y); return 0; } برای کامپایل برنامه از دستور زیر بهره ببرید: g++ -I/share/apps/gsl-2.0 -Wall -c example.c سپس برای پیوند از دستور زیر بهره ببرید: g++ example.o -lgsl -lgslcblas -lm در پایان برای اجرای برنامه: ./a.out خروجی برنامه باید بدین گونه باشد: J0(5) = -1.775967713143382642e-01 اجرای چند هسته ای: #PBS -N myjob #PBS -m abe #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR mpicc example.c -I/share/apps/gsl-2.0/gsl -L/share/apps/gsl-2.0 -lgsl -lgslcblas

4.2.0
GULP
توضیحات نرم افزار

Gulp‌ (General Utility Lattice Program) برنامه ای است که می تواند ماده های مختلفی را با استفاده از شرایط مرزی صفر بعدی (مولکول و کلاستر)، یک بعدی(پلیمر)، دو بعدی(سطح ها) و سه بعدی (جامد) شبیه سازی کند.

نحوه اجرای نرم افزار

#PBS -N myjob #PBS -m abe #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np 4 gulp < inputfile > outputfile

12.7، 12.8
IBM ILOG CPLEX Optimization Studio
توضیحات نرم افزار

IBM ILOG CPLEX Optimization Studio نرم افزاری قدرتمند برای پشتیبانی از تصمیم گیری تحلیلی و مدل سازی ریاضی است که تحت زبان برنامه نویسی C بوده و قابلیت اتصال به سایر محیط های برنامه نویسی و بهینه سازی مدل های ریاضی به کار رفته در آن ها را با استفاده از برنامه نویسی ریاضی و برنامه نویسی تحلیلی دارا می باشد. این نرم افزار دارای دو محیط جامع توسعه IDE و زبان برنامه نویسی بهینه سازی OPL می باشد. به کمک این نرم افزار می توان مسائل تحقیق در عملیات و محاسبات پیچیده ریاضی را انجام داد. این نرم افزار می تواند نتایج محاسباتی را از زبان های برنامه نویسی رایج انجام دهد و نتایج را مجددا به محیط برنامه وارد نماید.

نحوه اجرای نرم افزار

برای اجرای برنامه خود می توانید دستور روبرو را در فایل run.sh‌خود قرار دهید. آدرس: /share/apps/ibm/ILOG/CPLEX_Studio_Community127

2019
Intel Parallel Studio XE 2019
توضیحات نرم افزار

Intel Parallel Studio محصول نرم افزاری از شرکت اینتل برای کامپایل بهینه برنامه هایی بر مبنای فرترن و ++C با قابلیت پردازش موازی است، در واقع هدف اینتل از ارائه این بسته نرم افزاری فراهم کردن یک محیط برنامه نویسی با قابلیت‌های مختلفی از جمله پردازش موازی است تا برنامه نویسان بتوانند برنامه های خود را در بهینه ترین حالت پیاده سازی کنند و از حداکثر قدرت و سرعت اجرا بر روی پردازنده های خانواده Intel® Xeon® processors و Intel® Xeon Phi™ coprocessors بهره مند شوند. با توجه به اینکه سازنده پردازنده های اینتل این نرم‌افزار را ارائه کرده است، با اطمینان بالایی می‌شود از این برنامه استفاده کرد، این نرم‌افزار شامل ابزارهای و کتابخانه ها مختلفی برای چند نخی، ریاضیات و کار با اعداد، کار با داده و فایل های مدیا و … برای افزایش سرعت برنامه نویسی است، همچنین دارای پروفایلرها و آنالیزرهای مختلفی برای تحلیل و بهینه سازی کدهاست، علاوه بر این از دیباگر قدرتمند این نرم‌افزار برای عیب‌یابی کدهای نوشته شده هم نمی‌توان گذشت، در نهایت Intel Parallel Studio راه حلی ساده، سریع و مطمئن جهت برنامه نویسی موازی برای نسل آینده پردازنده هاست.

نحوه اجرای نرم افزار

برای کامپایل با کامپایلر c اینتل می‌توان از run.sh زیر استفاده کرد: #PBS -N myjob #PBS -m abe #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR source /share/apps/intel/bin/compilervars.sh intel64 icc input.c

1.8.0
Java
توضیحات نرم افزار

جاوا (به انگلیسی: Java) یک زبان برنامه‌نویسیِ شیءگرا است. زبان جاوا شبیه به ++C است اما مدل شیءگرایی آسان‌تری دارد و از قابلیت‌های سطح پایین کمتری پشتیبانی می‌کند. یکی از قابلیت‌های بنیادین جاوا این است که مدیریت حافظه را بطور خودکار انجام می‌دهد. ضریب اطمینان عملکرد برنامه‌های نوشته‌شده به این زبان بالا است و وابسته به سیستم‌عامل خاصی نیست، به عبارت دیگر می‌توان آن را روی هر رایانه با هر نوع سیستم‌عاملی اجرا کرد. برنامه‌های جاوا به صورت کدهای بیتی کامپایل می‌شوند؛ که مانند کد ماشین هستند و به ویژه وابسته به سیستم‌عامل خاصی نیستند.

نحوه اجرای نرم افزار

برای کامپایل و اجرای یک برنامه به زبان جاوا ابتدا باید کد را به صورت زیر کامپایل نمایید: javac file.java با وارد کردن دستور فوق فایل file.class که فایل اجرایی است تولید می‌شود. پس از آن می توانید با استفاده از command زیر برنامه را اجرا کنید: java file برای قرار گرفتن تمامی خروجی‌های این ابزار در فایل متنی باید دستور فوق به صورت زیر وارد شود: java file > output.txt

17.1
JMAG-Designer
توضیحات نرم افزار

JMAG-Designer نرم افزاری برای طراحی، توسعه و شبیه سازی تجهیزات الکترومکانیکی است. این برنامه با شبیه سازی حالتهای پیچیده رفتار ماشین را در مقابل تاثیر پدیده های فیزیکی پیش بینی و ارزیابی میکند. درک دقیق رفتار ماشین در این مرحله بسیار مهم است چرا که وجود یک اشتباه باعث میشود تا متحمل هزینه های فراوانی شویم. این برنامه با در نظر گرفتن این موضوع تمامی حالتهای مورد نظر شما را با دقت بالایی بر روی ماشین آزمایش میکند تا در فاز تولید دچار این ضررها نشویم. واسط کاربری این برنامه ساده طراحی شده است و کاربران مبتدی و هم حرفه ای بدون هیچ گونه مشکلی میتوانند در مدت زمان کمی به قابلیتهای این نرم افزار اشراف کامل پیدا کنند. یکی از مزیت های این نرم افزار را میتوان آنالیز پارامتریمک آن دانست. در این روش با تغییر پارامترهای مختلف رفتار ماشین را زیر نظر میگیریم. به نقاط بیشینه و کمینه دست پیدا میکنیم. فرکانس تغییرات را میتوانیم در یک بازه زمانی خاص بسنجیم. با استفاده از JMAG-Designer به راحتی میتوانید انواع میدان های مغناطیسی را شبیه سازی کنید و تاثیر آن را بر روی پدیده های فیزیکی مشاهده کنید. با استفاده از این برنامه طراحی ترانسفورماتورهای کاهنده و افزاینده کار دشواری نخواهد بود. لازم به ذکر است که این نرم افزار علاوه بر کاربردهای عملی میتواند ابزار ارزشمندی برای یادگیری و آموزش مباحث فیزیک در این حوزه باشد. شما بدون انجام دستی محاسبات میتوانید تاثیر تغییرات در پارامترهای مختلف را به صورت واقعی و شبیه سازی شده ببینید. این موضوع یعنی آزمون و خطا و بررسی تئوری در عمل تاثیر مطلوبی در درک یادگیری شما خواهد داشت.

نحوه اجرای نرم افزار

#PBS -N myjob #PBS -m abe #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR source /share/apps/JMAG/JMAG-Designer17.1/setenv export JRI_LICENSE_FILE=/share/apps/JMAG/JMAG-Designer17.1/jri_SSQ.dat export LD_LIBRARY_PATH="/share/apps/JMAG/JMAG-Designer17.1/:$LD_LIBRARY_PATH" mpirun -np 1 /share/apps/JMAG/JMAG-Designer17.1/designer < inputfile > outputfile

1Feb14 ،4Jun14 ،5Jan15 ،1Apr15 ،11Jan16 ،12Dec18 ،11Aug17 ،23Oct17 ،16Mar18 ،3Mar20، 30Nov20
LAMMPS
توضیحات نرم افزار

LAMMPS یا همان شبیه‌سازی برای دستگاه‌های پر ذره که با موازی سازی می‌تواند شبیه‌سازی‌های پیچیده را اجرا کند. برای بررسی سیستم‌های مولکولی نمی‌توان از روش‌های بر پایه محیط پیوسته استفاده کرد، چون دینامیک سیستم بسیار سریع بوده و از طرفی محیط فرایند هم پیوسته نیست؛ لذا از روش شبیه‌سازی دینامیک مولکولی استفاده می‌شود، که برمبنای مکانیک کلاسیک بوده و لمپس یکی از نرم‌افزارهایی است که می‌توان با آن، براساس روش دینامیک مولکولی بسیاری از سیستم‌های اتمی مولکولی را شبیه‌سازی نمود.

نحوه اجرای نرم افزار

برای اجرای برنامه خود می توانید دستور روبرو را در فایل run.sh‌خود قرار دهید. #PBS -N myjob #PBS -m abe #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np cores lmp_openmpi < inputFile > outputFile که بایستی تعداد پردازنده‌های مورد نیاز برای اجرای موازی نیز در متغیر cores مشخص گردد، فایل‌های خروجی این ابزار در مسیر جاری خواهند بود و قابل مشاهده و دانلود توسط کاربر هستند. نسخه نرم افزار lammps-4Jun14 برای استفاده از این نسخه به جای خط mpirun -np cores lmp_openmpi < inputFile > outputFile از خط زیر استفاده نمایید. mpirun -np cores /share/apps/lammps-4Jun14/src/lmp_openmpi < inputFile > outputFile نسخه نرم افزار lammps-5Jan15 برای استفاده از این نسخه به جای خط mpirun -np cores lmp_openmpi < inputFile > outputFile از خط زیر استفاده نمایید. mpirun -np cores /share/apps/lammps-5Jan15/src/lmp_ompi_g++ < inputFile > outputFile mpirun -np cores /share/apps/lammps-5Jan15/src/lmp_mpi < inputFile > outputFile نسخه نرم افزار lammps-1Apr15 برای استفاده از این نسخه به جای خط mpirun -np cores lmp_openmpi < inputFile > outputFile از خط زیر استفاده نمایید. mpirun -np cores /share/apps/lammps-1Apr15/src/lmp_ompi_g++ < inputFile > outputFile mpirun -np cores /share/apps/lammps-1Apr15/src/lmp_mpi < inputFile > outputFile نسخه نرم افزار lammps-11Jan16 برای استفاده از این نسخه به جای خط mpirun -np cores lmp_openmpi < inputFile > outputFile از خط زیر استفاده نمایید. mpirun -np cores /share/apps/lammps-11Jan16/src/lmp_ompi_g++ < inputFile > outputFile mpirun -np cores /share/apps/lammps-11Jan16/src/lmp_mpi < inputFile > outputFile

FlexLM-1.6.700
Lumerical
توضیحات نرم افزار

ابزار های Lumerical از طیف گسترده ای از برنامه های طراحی و آنالیز فوتونیک و الکترومغناطیس پشتیبانی می کنند. مهندسین با استفاده از محصولات Lumerical قادر خواهند بود تا به چالش برانگیزترین مشکلات طراحی از آنالیزهای سطح کامپوننت با استفاده از حل کننده های (solvers) اپتیکال و الکتریکی گرفته تا شبیه سازی ها و طراحی های سیستم های پیچیده، رسیدگی کنند.

نحوه اجرای نرم افزار

#PBS –N job1 #PBS –m ae #PBS –M xxx@ce.sharif.edu #PBS –l nodes=1:ppn=2 cd $PBS_O_WORKDIR /opt/openmpi/bin/mpirun -n 2 /opt/lumerical/fdtd/bin/fdtd-engine-ompi-lcl aa2.fsp

2016.2
Maple
توضیحات نرم افزار

Maplesoft Maple یک مفسر، برای زبان برنامه نویسی پویا است، به طور معمول، عبارات جبری و عبارات منطق در حافظه کامپیوتر، ذخیره می شوند و پس از آن بوسیله این نرم افزار پردازش شده و حل میگردند. از نرم افزار Maplesoft Maple در حل مسایل مختلف ریاضی از قبیل هندسه، حساب و ... استفاده می شود. وقتی Maple بار می شود (اجرا می گردد) فقط هسته که پایه و اساس سیستم Maple و شامل دستورات بنیادی و اولیه می باشد را به حافظه منتقل می کند.

نحوه اجرای نرم افزار

#PBS -N myjob #PBS -m abe #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR /share/apps/Maple/Maplesoft_Maple_2016.2/bin/maple < input.m > output

11، 11.3، 12
Mathematica
توضیحات نرم افزار

Wolfram Mathematica یکی از کامل ترین ابزارهای محاسباتی جهان می‌باشد. این برنامه به منظور اجرای محاسبات در زمینه‌ی آماده‌سازی مستندات و برنامه نویسی‌های فعل و انفعالی می باشد. از این محصول می‌توان در تحقیقات علمی، آنالیزهای مهندسی و شبیه سازی‌های علمی در مدارس تکنیکی استفاده نمود.

نحوه اجرای نرم افزار

#PBS -N myjob #PBS -m abe #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR /share/apps/Mathematica/11/Executables/math -run < input.m > output

2015، 2017a ،2017b ،2018a ،2019a
Matlab
توضیحات نرم افزار

متلب یک زبان برنامه‌نویسی چندالگویی و نیز یک محیط محاسباتی است که توسط شرکت MathWorks توسعه داده شده است. با استفاده از این نرم‌افزار می‌توان اعمالی همچون ضرب ماتریس‌ها، رسم نمودار توابع و پیاده‌سازی الگوریتم‌ها را انجام داد. متلب قابلیت اتصال به سایر زبان‌های برنامه‌نویسی را نیز دارا می‌باشد.

نحوه اجرای نرم افزار

-desktop اجرا در محیط گرافیکی -nodesktop اجرا در محیط ترمینال -nojvm اجرا بدون jvm خواهد بود و امکاناتی که به جاوا نیاز دارند پیشتیبانی نمی‌شود -nosplash عدم نمایش splash که در ابتدای اجرا نشان داده می‌شود برای اجرای اسکریپت‌ها و توابع در متلب می ‌توان از -r statement استفاده کرد. این دستور می‌تواند یک رشته، آدرس اسکریپت یا تابع را به عنوان ورودی دریافت کند. هنگامی که ورودی کد متلب است حتما باید داخل گیومه قرار بگیرد. اگر نام اسکریپت است نیازی به گیومه نیست. مثال‌هایی از این مورد: /share/apps/matlab/matlab2018a/bin/matlab -r “disp([‘current folder:’ pwd])” /share/apps/matlab/matlab2018a/bin/matlab -r myscript.m برای خطایابی -logfile output.log نمایش خروجی‌ها و لاگ خطاهای اتفاق افتده -n نمایش خروجی بدون اجرای متلب. -debugger debugopts متلب را در حالت دیباگ اجرا می‌کند -job portnumber از دیباگر جاوا استفاده می‌کند و روی پورت داده شده با آن ارتباط برقرار می‌کند -debug نمایش اطلاعات دیباگ برای مشکلات x-based -singleCompThread از یک نخ محاسباتی برای اجرا استفاده می‌شود. -softwareopengl متلب را با کتابخانه openGL اجرا می‌کند Mfix ModelSim SE Mono MPI NAMD

2013
MFiX
توضیحات نرم افزار

یک برنامه عام‌منظوره که توسط آزمایشگاه ملی فناوری انرژی (NETL) توسعه داده شده و از آن برای توصیف هیدرودینامیک، انتقال حرارت و واکنش‌های شیمیایی در سامانه‌های سیال-صلب استفاده می‌شود.

نحوه اجرای نرم افزار

برای آغاز کار شما نیاز به فایل mfix.dat‌دارید که در مسیر زیر است که با دستور زیر می توانید به آن جا بروید: cd /share/apps/mfix2013/tutorials/fluidBed1cd /share/apps/mfix2013/tutorials/fluidBed1 برای شبیه سازی کار خود شما نیازمند به ویرایش و پیکربندی این فایل هستید. برای اجرای تک هسته ای شبیه سازی خود می توانید از یکی از دستورهای زیر استفاده کنید(در همان مسیر پیش): ./mfix برای اجرای چند هسته ای برنامه خود دستورهای زیر را دنبال کنید: configure_mfix --dmp FC=mpif90 FCFLAGS='-g –O2' && make mpirun –np 4 ./mfix و سپس گام POSTFIX: cd /share/apps/mfix2013/tutorials/fluidBed1cd /share/apps/mfix2013/tutorials/fluidBed1 make postmfix سپس با اجرای دستور ls فایل های زیر باید ساخته شده باشند: mfix.dat mfix postmfix

19.1
ModelSim SE
توضیحات نرم افزار

نرم افزار ModelSim یکی از قوی ترین نرم افزار های طراحی و شبیه سازی برنامه های VHDL و Verilog می باشد که در صنعت، بسیار مورد استفاده قرار می گیرد. به وسیله این نرم افزار مهندسان و طراحان می توانند برنامه های خود را قبل از تست سخت افزاری، توسط آن شبیه سازی کرده و از عملکرد برنامه خود اطمینان حاصل نمایند. زبان VHDL نخستین بار توسط وزارت دفاع امریکا به منظور طراحی و توصیف مدارات مجتمع سرعت بالا طراحی شد و استفاده گردید و در سال 1987 توسط انجمن IEEE در قالب استاندارد در اختیار عموم قرار گرفت.

نحوه اجرای نرم افزار

#PBS -N myjob #PBS -m abe #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR /share/apps/altera/19.1/modelsim_ase/modelsim_ase/bin/vlib $LIBRARY_NAME $LIBRARY_NAME را با نام کتابخانه مورد نظر جایگزین کنید. برای کامپایل از run.sh زیر استفاده کنید: #PBS -N myjob #PBS -m abe #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR /share/apps/altera/19.1/modelsim_ase/modelsim_ase/bin/vlog input.v > log.txt

4.4.1، 6.4.0
Mono
توضیحات نرم افزار

یک چارچوب نرم‌افزاری منبع‌باز بر پایه .NET است که توسط Ximian، که بعدها توسط Novell‌ خریداری شد، توسعه داده شده است و مدیریت آن اکنون بر عهده Xamarin‌ است که از زیرمجموعه‌های مایکروسافت به شمار می‌رود. Mono قابلیت اجرا بر روی بسیاری از سامانه نرم‌افزاری را دارد.

نحوه اجرای نرم افزار

برای c# ابتدا /share/apps/mono-4.4.1/bin/mcs کد خود را کامپایل و سپس اجرا می نمایید #PBS -l nodes=2:ppn=8,walltime=5:00 #PBS -m ae #PBS -N job_myprog cd $PBS_O_WORKDIR /share/apps/mono/6.4.0.198/bin/mcs hello.cs -o hello.o ./hello.o

1.6.2
MPI
توضیحات نرم افزار

استاندارد واسط انتقال پیام (MPI) یک کتابخانه استاندارد است که بر اساس اجماع انجمن MPI، با شرکت بیش از 40 سازمان شامل فروشندگان،‌ پژوهشگران،‌ توسعه‌دهندگان کتابخانه‌های نرم‌افزاری و کاربران، به وجود آمده است. هدف این واسط، به وجود آوردن یک استاندارد کارا، قابل حمل و منعطف است که برای برنامه‌هایی که نیاز به انتقال پیام دارند، کاربردی باشد.

نحوه اجرای نرم افزار

برای اجرای پردازش‌های موازی مبتنی بر MPI از دستور mpirun مطابق زیر استفاده می‌شود، با این تفاوت که به جای پارامترPROGRAM باید نام ابزار یا برنامه یا فایل اجرایی مورد نظر کاربر، استفاده شود. همچنین بایستی تعداد پردازنده‌های مورد نیاز برای اجرای موازی نیز در متغیر cores مشخص گردد: mpirun -np cores PROGRAM به عنوان نمونه، با فرض اینکه فایل اجرایی myRun.sh توسط کاربر در مسیر جاری قرار داده شده‌است و این فایل برای اجرای موازی روزی ۲۴ پردازنده، نیازمند فایل ورودی input.in می‌باشد، دستور وارده به شرح زیر خواهد بود: mpirun -np 24 myRun.sh < input.in برای ذخیره شدن خروجی‌های برنامه که در خط فرمان هستند داخل فایل متنی، دستور به صورت زیر وارد می‌شود: mpirun -np 24 myRun.sh < input.in > output.txt که در نهایت فایل متنی تولید شده قابل مشاهده با استفاده از دستور cat output.txt و هم قابل دانلود می‌باشد.

2.9،‌ 2.11، 2.12
NAMD
توضیحات نرم افزار

NAMD یک نرم افزاری شبیه سازی دینامیک مولکولی رایگان که با استفاده از مدل برنامه نویسی موازی Charm++ نوشته شده است. که بیشترجهت موازی سازی و استفاده به عنوان شبیه ساز سیستم های بزرگ (میلیونها اتم) می باشد.

نحوه اجرای نرم افزار

#PBS -N myjob #PBS -m abe #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR mpirun namd2 config.conf > output.log ابزار NAMD نصب شده روی خوشه با استفاده از MPI موازی سازی را فراهم می‌کند. برای اجرای این ابزار، دستور به صورت زیر وارد می‌شود: mpirun -np cores namd2 < configFile > output.txt که بایستی تعداد پردازنده‌های مورد نیاز برای اجرای موازی نیز در متغیر cores مشخص گردد، فایل‌های خروجی این ابزار در مسیر جاری خواهند بود و قابل مشاهده و دانلود توسط کاربر هستند.

2.2.1، 2.3.0، 3.0.0، 4.0، 4.1، 5، 6
OpenFoam
توضیحات نرم افزار

این نرم افزار بوسیله زبان برنامه نویسی شی گرای++C نوشته شده است و دارای تعداد زیادی Solver از پیش نوشته شده برای مسائل متفاوت می باشد. بعنوان مثال حل کننده icoFoam برای حل جریان سیالات تراکم ناپذیر و آرام در حالت گذرا بکار میرود. برای اجرای برنامه ی خود بهتر است تا به بخش راهنمایی بیشتر رفته و راهنمای کاربری این نرم افزار را بخوانید.

نحوه اجرای نرم افزار

برای اجرای برنامه در حالت تک هسته ای: در فایل run.sh‌خود کد زیر را بنویسید: #PBS -N myjob #PBS -m abe #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR Of230 blockMesh icoFoam اجرای برنامه در حالت چند هسته ای: در پوشه system از مجموعه فایل های خود، فایل با نام decomposeParDict را ساخته و کد زیر را در آن بگذارید. FoamFile { version 2.3.0; format ascii; class dictionary; location "system"; object decomposeParDict; } numberOfSubdomains 16; method simple; simpleCoeffs { n ( 4 4 4); delta 0.001; } distributed no; root (); سپس فایل run.sh‌خود را به گونه ی زیر تغییر دهید: cd $PBS_O_WORKDIR # Run OpenFOAM blockMesh decomposePar -force # Force here will overwrite any existing mesh mpiexec_mpt icoFoam -parallel # You do not need to specify the number of MPI processes in this command reconstructPar

1.7.3a ،2.5.0 ،3.0.0 ،3.2.0 ،5.0.0
OpenSees
توضیحات نرم افزار

نرم افزارopenSees يك نرم افزار كدباز و رایگان است كه با استفاده از روش اجزا محدود به تحليل انواع سازه ها می‌پردازد.

نحوه اجرای نرم افزار

/share/apps/OpenSees/OpenSees-2.5.0

2.6.6، 2.7.8، 3.5.3،‌ 3.6.5
Python
توضیحات نرم افزار

پایتون (Python) یک زبان برنامه‌نویسی همه منظوره، سطح بالا، شیءگرا و مفسر است .فلسفه ایجاد آن تاکید بر دو هدف اصلی خوانایی بالای برنامه‌های نوشته شده و کوتاهی و بازدهی نسبی بالای آن است. کلمات کلیدی و اصلی این زبان به صورت حداقلی تهیه شده‌اند و در مقابل کتابخانه‌هایی که در اختیار کاربر است بسیار وسیع هستند. بر خلاف برخی زبان‌های برنامه‌نویسی رایج دیگر که بلاک‌های کد در آکولاد تعریف می‌شوند، در زبان پایتون از نویسه فاصله و جلوبردن متن برنامه برای مشخص کردن بلاک‌های کد استفاده می‌شود. به این معنی که تعدادی یکسان از نویسه فاصله در ابتدای سطرهای هر بلاک قرار می‌گیرند، و این تعداد در بلاک‌های کد درونی‌تر افزایش می‌یابد. بدین ترتیب بلاک‌های کد به صورت خودکار ظاهری مرتب دارند. پایتون مدل‌های مختلف برنامه نویسی (از جمله شیء گرا و برنامه نویسی دستوری و تابع محور) را پشتیبانی می‌کند و برای مشخص کردن نوع متغییرها از یک سامانهٔ پویا استفاده می‌کند.

نحوه اجرای نرم افزار

برای اجرای برنامه خود می توانید دستور روبرو را در فایل run.shخود قرار دهید. #PBS -N myjob #PBS -m abe #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR python program.py فایل program.py شامل کد پایتون شما می باشد برای اجرای یک برنامه به زبان پایتون در خوشه بایستی دستورات به ترتیب زیر وارد شوند: python File.py برای قرار گرفتن تمامی خروجی‌های این ابزار در فایل متنی باید دستور فوق به صورت زیر وارد شود: python File.py > output.txt که در نهایت فایل متنی تولید شده قابل مشاهده با استفاده از دستور cat output.txt و هم قابل دانلود می‌باشد. لازم به ذکر است که اکثر بسته‌های کاربری پایتون نظیر numpy, scipy و موارد مشابه در خوشه نصب و قابل استفاده است.

5.3.0، 6.1، 6.4.1، 6.5
Quantum ESPRESSO
توضیحات نرم افزار

Quantum Espresso بسته ای یکپارچه از نرم افزارهای متن باز برای محاسبات ساختار الکترونی و مدل سازی در مقیاس نانو است. این بسته از چندین نرم افزار مستقل که بر پایه نظریه DFT، توابع پایه موج مسطح و شبه پتانسیل ها (pesedopotentials) کار میکنند و با هم همکاری و تعامل دارند ساخته شده است. مناسب برای بررسی سیستمهای بلوری.

نحوه اجرای نرم افزار

برای اجرای برنامه خود می توانید دستور روبرو را در فایل run.sh‌خود قرار دهید. #PBS -N myjob #PBS -m ae #PBS -M your@email.com #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR /share/apps/QE/espresso-5.3.0/bin/ph.x -nk 1 -nd 1 -nb 1 -nt 1 < input.in > output.out برای استفاده از نسخه 6.4.1 از دستورات زیر در فایل run.sh استفاده کنید: #PBS -N myjob #PBS -m ae #PBS -M your@email.com #PBS -l nodes=1:ppn=1 source /share/apps/intel/mkl/bin/mklvars.sh intel64 cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np 1 /share/apps/qe/q-e-qe-6.4.1/bin/pw.x < input.in > output.out

3.5.1
R
توضیحات نرم افزار

R، یک زبان برنامه‌نویسی و محیط نرم‌افزاری برای محاسبات آماری و تحلیل داده است، که بر اساس زبان‌های اس و اسکیم پیاده‌سازی شده است. این نرم‌افزار متن باز، تحت اجازه‌نامه عمومی همگانی گنو عرضه شده و به رایگان قابل دسترس است. R، حاوی محدوده گسترده‌ای از تکنیک‌های آماری (از جمله: مدل‌سازی خطی و غیرخطی، آزمون‌های کلاسیک آماری، تحلیل سری‌های زمانی، رده‌بندی، خوشه‌بندی و غیره) و قابلیت‌های گرافیکی است. در محیط R، کدهای سی، سی++ و فورترن قابلیت اتصال و فراخوانی هنگام اجرای برنامه را دارند و کاربران خبره می‌توانند توسط کدهای سی، مستقیماً اشیا R را تغییر دهند. گرچه نرم‌افزار R اغلب به منظور انجام محاسبات آماری به کار می‌رود، این نرم‌افزار قابل به کارگیری در محاسبات ماتریسی است و در این زمینه، همپای نرم‌افزارهایی چون اُکتاو و نسخهٔ تجاری آن متلب (MATLAB) است. R، همچنین نرم‌افزار قدرتمندی برای ایجاد اشکال گرافیکی و نمودارهاست.

نحوه اجرای نرم افزار

#PBS -N myjob #PBS -m abe #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR export PATH="/share/apps/Anaconda/anaconda3.7/bin:$PATH" R CMD BATCH r-example-function-1.R محتویات فایل r-example-function-1.R: r_example_function_1<-function() { data<-read.csv("gnu-r-example.csv",header=F) expdata<-exp(data[,1]) write.csv(expdata,"output_gnu-r-example.csv") } r_example_function_1()

0.17.0 (برای پایتون نسخه 3.5.3)
SciPy
توضیحات نرم افزار

SciPy نام یک کتابخانه open-source برای ریاضدان ها ، دانشمندان و مهندسین است و نیز نام یک کنفرانس در زمینه برنامه نویسی علمی به زبان Python است. SciPy وابسته به NumPy است که امکان عمیات ماتریسی N بعدی را بصورت سریع و آسان فراهم می سازد. این کتابخانه به گونه ای است تا بتواند با آرایه های NumPy کار کند، و عملیات متداول مانند محاسبه انتگرال، بهینه سازی را به گونه ای کارا و قابل فهم برای کاربر انجام دهد. به عنوان مثال، بسته بهینه سازی scipy.optimize مهمترین عملیات پایه بهینه سازی توابع غیر خطی را انجام می هد. برای بهره جستن از Scipy بایستی در آغاز python‌را باز کنید و سپس scipy‌را فراخوانی کنید. از این پس می توانید برنامه خود را که در آن از کتابخانه ی scipy بهره گرفته شده است را اجرا کنید.

نحوه اجرای نرم افزار

#PBS -N myjob #PBS -m abe #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd /home/xxx.ce.sharif/my_files python import scipy کد خود را در اینجا واردی کنید یه برنامه نمونه که می توانید این را در بخش «کد خود را وارد کنید» بالا قرار دهید: from scipy import linalg n=100; a=scipy.random.rand(n,n); b=scipy.ones((n,n)); c=scipy.zeros((n,n)); A=scipy.mat((a)); B=scipy.mat((b)); C=scipy.mat((c)); # Matrix multiplication with operator C = A * B; # Matrix determinant d = scipy.linalg.det(A); # Inv matrix B2 = A.I * C; # FFT (only scipy) F = scipy.fft(A);

4.1 (b2, b3, b4)
SIESTA
توضیحات نرم افزار

سیستا یک نرم افزار قدرتمند در شبیه سازی جامدات با تئوری تابع چگالی در سامانه تناوبی با تعداد اتم های زیاد می باشد . نرم افزار سیستا مخفف شروع طرح ابتکاری اسپانیایی برای شبیه سازی الکترونی با هزاران اتم می باشد. سیستا نرم افزاری بر اساس زبان برنامه نویسی فورترن 90 است که در راستای محاسبات ساختار الکترونیکی و شبیه سازی های دینامیک مولکولی مولکولها و جامدات مورد استفاده قرار می گیرد. این برنامه بر مبنای نظریه تابعیت چگالی خودسازگار با استفاده از شبه پتانسیل های استاندارد می باشد. ترکیب خطی اوربیتال های اتمی منجر به ایجاد مجموعه پایه ی عددی و ثابتی می گردد که در راستای بهبود نتایج، می توان شرط قطبیده بودن اوربیتال ها و چند زتا را نیز لحاظ کرد. تقریب مورد نیاز برای دستیابی به تابعیت تبادل – همبستگی در حل معادلات کوهن– شام، با استفاده از تقریب چگالی موضعی و یا تقریب گرادیان تعمیم یافته اعمال می شود. توابع پایه و چگالی الکترونی به درون شبکه ی فضا ثابت طرح ریزی شده که کمینه شدن آنها توابع حالت متعامد، انرژی و چگالی ای را نتیجه می دهد که مانند نتایج حاصل از در نظر گرفتن تابعیت انرژی کوهن-شام بدون نیاز صریح به برقراری شرط متعامد شدن، می باشد. علاوه بر آن استفاده از توابع موج الکترونی شبه وانیر موضعی اجازه می دهد که سامانه های بزرگ، با تعداد اتم های زیاد در مدت زمان کوتاهتر و بدون نیاز به حافظه ی زیاد محاسبه شوند. این برتری به موجب مقیاس بندی خطی حافظه و زمان اجرا با اندازهی سامانه در نتیجه ی استفاده از این توابع موج الکترونی است. برنامه ی نرم افزاری قدرتمند سیستا برای سامانه های موازی نیز قابل اجرا می باشد.

نحوه اجرای نرم افزار

#PBS -N myjob #PBS -m abe #PBS -M your@email.com #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np 1 /share/apps/siesta/siesta-4.1-b2/Obj/siesta < input.fdf > output.txt

12.02.010، 13.06.011، 15.06.008
Star CCM
توضیحات نرم افزار

نرم افزار Star CCM یک ابزار شبیه سازی قدرتمند است که قابلیت های خوبی را برای بسیاری از رشته های مهندسی فراهم می کند. پیش بینی عملکرد واقعی یک محصول در دنیای واقعی، نیازمند ابزارهای شبیه سازی است و در این زمینه، یک راه حل همه جانبه، می تواند بسیار کارساز باشد. این نرم افزار یک راه حل بسیار عالی برای تکنولوژی های چندرشته ای می باشد، تا بتوانند در قالب یک رابط کاربری یکپارچه، عملیات شبیه سازی و گزارش گیری را انجام دهند. کاربران این برنامه می توانند برای طراحی یک محصول بهتر، نتایج تغییرات را پیش بینی کرده و در طراحی عملکرد محصول خود وارد نمایند. از لحاظ تاریخی، این پیش بینی ها و انجام محاسبات می توانند نمونه های فیزیکی را بدست دهند و جامعه آماری موردنظر را زیرنظر داشته باشند. این جامعه آماری، در واقع همان نمونه تست ما است تا متوجه شویم انتظارات مشتریان تا چه برآورده شده است.

نحوه اجرای نرم افزار

#PBS -N myjob #PBS -m ae #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR /share/apps/StarCCM/12.02.010-R8/STAR-CCM+12.02.010-R8/star/bin/starccm+ -batch -np 1 input.java input.sim > output سپس دستور زیر را وارد کنید: export CDLMD_LICENSE_FILE="/share/apps/StarCCM/12.02.010-R8/linux64/license.dat" و بعد اجرای خود را با دستور qsub ارسال کنید. برای استفاده از نسخه 13 ابتدا محتوای فایل run.sh خود را مشابه زیر قرار دهید: #PBS -N myjob #PBS -m ae #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR /share/apps/StarCCM/13.06.011-R8/STAR-CCM+13.06.011-R8/star/bin/starccm+ -batch -np 1 input.java input.sim > output سپس دستور زیر را وارد کنید: export CDLMD_LICENSE_FILE="/share/apps/StarCCM/13.06.011-R8/license.dat" و بعد اجرای خود را با دستور qsub ارسال کنید.

14.2
Stata
توضیحات نرم افزار

Stata یک بسته نرم‌افزاری عام‌منظوره آماری است که در سال 1985 و توسط شرکت StataCorp توسعه داده شد. بیشتر کاربران آن در حوزه‌های پژوهشی، به خصوص در زمینه اقتصاد، علوم سیاسی، زیست‌پزشکی و همه‌گیرشناسی، مشغول به کار می‌باشند.

نحوه اجرای نرم افزار

#PBS -N myjob #PBS -m abe #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR /share/apps/Stata/stata -b do myfile

1.12
TensorFlow
توضیحات نرم افزار

تنسورفلو یک کتابخانهٔ نرم‌افزاری متن‌باز برای یادگیری ماشین در انواع مختلف وظایف مفهومی و زبان است که در حال حاضر توسط ۵۰ تیم تحقیقاتی و محصولات مختلف گوگل از جمله بازشناسی گفتار، جی‌میل، گوگل فوتوز و جستجو که بسیاری از آن‌ها سابقاً از دیست‌بلیف استفاده کرده بودند، استفاده می‌شود. تنسورفلو در آغاز توسط تیم گوگل برین مرکز تحقیقاتی گوگل به صورت داخلی استفاده می‌شد ولی بعدها در ۹ نوامبر ۲۰۱۵ تحت مجوز آپاچی منتشر شد. دلایل زیادی نظیر اینکه تصاویر طیف خاکستری در کامپیوتر معمولاً به صورت ماتریس‌های n∗m ذخیره می‌شوند(تصاویر رنگی با ابعاد بیشتر مانند n∗m∗3) و وقتی ما دسته‌ای از تصاویر داریم (مثلاً k تصویر)، مجبوریم ابعاد ماتریس‌ها را به صورت n∗m∗k یا در تصاویر رنگی n∗m∗3∗k افزایش دهیم سبب شدند که در طراحی تنسورفلو از داده ساختار تنسور برای نگهداری مقادیر و نوع داده متغیرها استفاده شود. اما مهم‌ترین دلیل استفاده تنسورفلو از تنسورها، در حقیقت سهولت مدیریت وزن‌ها و مقادیر نرون‌ها در لایه‌های مختلف در شبکه‌های عصبی عمیق و یادگیری عمیق است.

نحوه اجرای نرم افزار

#PBS -N myjob #PBS -m abe #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1:gpus=1 #PBS -q tensorflow export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-9.0/lib64/:$LD_LIBRARY_PATH cd $PBS_O_WORKDIR /state/partition1/anaconda3/bin/python3.6 -u input.py > output.txt

4.6، 5.4.4
VASP
توضیحات نرم افزار

Vienna Ab initio Simulation Package یا VASP یک بسته برای انجام پویایی مولکولی کوانتومی مکانیکی (MD) با استفاده از شبه پتانسیل ها و یک برش موج صاف است. رویکرد اجرا شده در VASP مبتنی بر یک تقریب چگالی محلی با دمای محدود (با انرژی آزاد به عنوان مقدار تغییری) و یک ارزیابی دقیق از وضعیت زمین الکترونیکی لحظه ای در هر مرحله MD با استفاده از طرح های ماتریس موثر و طرح اختلاط Pulay می باشد. این تکنیک ها از تمام مشکلات موجود در روش Car-Parrinello اصلی که بر مبنای ادغام همزمان الکترون و معادلات یونی حرکت جلوگیری می کند. تعامل بین یون ها و الکترون ها با استفاده از شبه پتانسیل های Vanderbilt ultrasoft (US-PP) یا روش موج پیشرفته پروژکتور (PAW) توصیف می شود. هر دو تکنیک اجازه کاهش قابل توجهی از تعداد موج ها در هر اتم برای فلزات انتقالی و عناصر ردیف اول می دهد. نیروها و استرس را می توان به راحتی با VASP محاسبه کرد و آن را برای استراحت اتم ها در زمین های لحظه ای خود استفاده کرد.

نحوه اجرای نرم افزار

#PBS -N myjob #PBS -m abe #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1 source /share/apps/intel/bin/compilervars.sh intel64 source /share/apps/intel/impi/2019.4.243/intel64/bin/mpivars.sh export I_MPI_MIC=1 cd $PBS_O_WORKDIR mpiexec -np 1 --host localhost /share/apps/vasp/vasp.5.4.4-intel-parallel/bin/vasp_std > out.txt

1.9.1، 1.9.2
VMD
توضیحات نرم افزار

Visual Molecular Dynamics (VMD) نرم‌افزاری برای نمایش مولکولی است که توانایی پویا نمایی و ارزیابی سیستم های مولکولی بزرگ را به گونه ی سه بعدی را دارد.

نحوه اجرای نرم افزار

برای اجرای این ابزار با فرض اینکه فایل ورودی به ابزار inputFile باشد، باید دستور زیر وارد گردد: vmd inputFile برای قرار گرفتن تمامی خروجی‌های این ابزار در فایل متنی باید دستور بالا به گونه زیر وارد شود: vmd inputFile > output.txt اجرا به گونه چند هسته‌ای: #PBS -N myjob #PBS -m abe #PBS -M your@email.adress #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR vmd inputFile > output.txt